I Lund hette han Linnaeus. Tre gånger var han i staden: 1727/28 som student, 1732 då han hälsade på Kilian Stobaeus och 1749 under sin Skånska resa. Inte förrän 1757, då han adlades, antog han namnet von Linné.
Den 17 augusti 1727 kom han till Lund och den 19 augusti skrev han in sig vid Filosofiska fakulteten. Man kan se hans, med egen hand skrivna, namnteckning i Filosofiska fakultetens matrikel 1707-1762.
Han var skyldig att inställa sig hos universitetets rektor för att överlämna sitt testimonium, rekommendationsbrev, från sin rektor i Växjö Nils Krok.

Brevet inleds:
Liksom naturen inom växtriket erbjuder behagliga skådespel, då den genom växters flyttning från ett ställe till ett annat mera påskyndar deras lyckliga tillväxt; så utöfva Muserna på ett särdeles behagfullt sätt sitt välde, i det de bjuda ynglingar med utmärkt begåfning stundom byta om lärosäte, på det att de desto hastigare må kunna omsätta studiernas ljufva näktar i blod och saft.

I sina minnen ger Linné en alltför negativ bild av rektorns brev och sina egna prestationer i skolan. Han framställer sig själv som en medelmåttig elev och att en framtid som hantverkare hotade. På så sätt blir kontrasten mot hans senare framgångar desto större. Att Lund gav god näring åt den unga plantan stämmer dock.
Bara att lyckas ta sig till universitetet var en prestation på den tiden. 1728 var Linné den ende studenten från Kronbergs län. Det som gjorde tiden i Lund så utvecklande för den unge Linné var framför allt att han kom att bo hos Kilian Stobaeus.
Redan den 21 augusti flyttade han in i dennes hus söder om Domkyrkan (intill bokhandeln Arken och där Kyrkans besökscentrum planeras). Huset hade 20 studentkamrar. Bland de många inneboende studenterna kom Linné att uppmärksammas av värden. Han ertappades sent en kväll sovande med en bok från husets bibliotek och ett brinnande ljus bredvid sig. Han blev dagen efter, inför en uppbragt värd, tvungen att förklara sig. Detta lyckades han göra så väl att han inte bara slapp bestraffning utan fick nyckel till Kilian Stobaeus' bibliotek som omfattade cirka 1700 böcker. Stobaeus hade imponerats av den unge mannens brinnande vetgirighet. Han kom att bli Linnés välgörare. Linné fick äta tillsammans med paret Stobaeus och behandlades närmast som en son.
Tiden i Lund fick ett abrupt slut. Den 29 juni 1728 tog Linné avsked och universitetets rektor Arvid Möller skriver den 6 september avgångsbrevet. Linné plågas över att ha handlat illa mot dr Stobaeus, att han "lönt godt med ont, hvilket är djefvulskt". Varför han for skriver han inte. Han talar om fatum, ödet, och att det skulle ha styrt honom norrut till Uppsala.

1732 var han under en månad i Lund. Han uppsökte då Kilian Stobaeus, även för att diskutera geologiska frågor. När han för sista gången besökte staden 1949 var Kilian Stobaeus död sedan sju år tillbaka.
Linnés tid i Lund var inte lång men klart är att den skånska myllan var god jordmån för den unga växten som frodades, utvecklades och växte sig stark.